Po. Čvn 24th, 2024

Ještě před rokem jsme si ani nedokázali představit, že příběh koronaviru z Wu-chanu neskončí a brzy budeme žít zprávami o nových variantách SARS-CoV-2. A dnes se dokonce i školáci naučili rozumět odrůdám virů.

A nyní, zatímco celý svět obezřetně čeká na zprávy o omikronové variantě z Jižní Afriky, ruští vědci nám řekli, že my, jak se ukázalo, řádíme v naší vlastní, téměř domácí verzi SARS-CoV-2. Přišel k nám ze zahraničí a dnes je v Rusku – na rozdíl od zbytku světa, až na vzácné výjimky – dominantním typem koronaviru.

MedAboutMe pochopil zvláštnosti národního koronaviru.

„Ruská“ delta – varianta AY.122

Internetový zdroj medRxiv, kde jsou zveřejňovány předtisky vědeckých článků, zveřejnil v prosinci 2021 zprávu od ruských vědců o „ruské“ deltě, podlinii AY.122, která od loňského roku trvale dominuje Rusku. Připomeňme, že AY je označení pro delta variantu.

Tato varianta byla poprvé identifikována v lednu 2021 na Slovensku.

Podle prezentovaných údajů více než 90 % testovaných vzorků v Rusku obsahuje jednu odrůdu delta varianty – AY.122. Pokud se vám letos v létě podařilo onemocnět COVID-19 u nás, s největší pravděpodobností to byla právě tato varianta SARS-CoV-2.

A co ostatní země? Ukazuje se, že Rusko není samo. V Mongolsku se stejná delta podlinií nachází ve 100 % vzorků. V sousedním Kazachstánu je toto číslo 76 % a v Litvě – 73 %. A Ekvádor vstoupil do skupiny „milovníků AY.122“ – 86 % vzorků analyzovaných v zemi obsahuje tento typ viru. Tento typ koronaviru je také běžný na Ukrajině, ve Finsku a Turecku. Další zemí, kde byl AY.122 detekován v mnoha vzorcích, je Izrael a tam se z něj dokonce oddělila podlinka AY.122.1.

Mutace AY.122: kdo to potřebuje?

AY.122 má dvě pozoruhodné mutace, nsp2:K81N a ORF7a:P45L, podle kterých je identifikován. Obecně se jedná o poměrně vzácnou kombinaci: celosvětově ji lze nalézt pouze ve 2,3 % vzorků delta. Vědci zjistili, že v době studie byla tato kombinace zjištěna u 85 % vzorků odebraných v Rusku a pouze u 0,5 % vzorků odebraných v zahraničí.

Jaké jsou tyto mutace a proč se virus s nimi tak pevně usadil v Rusku?

A tady je ta největší otázka. Faktem je, že obě mutace neposkytují viru žádné supervýhody. Nezvyšují jeho odolnost vůči protilátkám a nezvyšují míru infekce ve srovnání s jinými variacemi delta.

Strom mutací: při hledání původního viru

Ruští vědci se rozhodli zjistit důvod takové selektivity mezi našimi krajany. Ze 4369 výtěrů odebraných v Rusku izolovali 1439 obsahujících delta variantu. Na základě posledně jmenovaného postavili vědci v Rusku mutační strom delta varianty.

Poprvé byla delta varianta objevena 7. dubna u pacienta z Moskvy. Na začátku července byla delta nalezena již u 98 % ruských výtěrů. Podle výpočtů výzkumníků byla denní míra růstu delty 9,74% – podobná data byla získána pro různé regiony země a další země.

Pomocí mutačního stromu se jim v období duben-říjen 2021 podařilo identifikovat 50 případů importu do země delty. V polovině případů vývoj viru pokračoval – viry s novými dětskými sekvencemi se narodily a ve druhé polovině – „vymřel“.

Analýza známých případů dovozu ukázala, že jeden z prvních vzorků přivezl do Ruska člověk, který cestoval do Spojených arabských emirátů a Turecka, druhý byl turista, který se vrátil z Indie. Tyto vzorky se však na území Ruska nijak zvlášť nerozšířily. Aktivně se ale začala šířit varianta s těmito dvěma mutacemi, která k nám dorazila 19. dubna. Kdo to přinesl – teď už nezjistíte. Ale byl to on, kdo se stal dominantní možností v Rusku a zůstává jí dodnes.

To, že byl virus do země importován, potvrzuje fakt, že ve 4 ze seznamu zemí otevřených pro leteckou dopravu z Ruska a zpět byla detekována i varianta AY.122.

Efekt zakladatele

Efekt zakladatele

V tuto chvíli se nabízí logická otázka: proč se právě tato možnost stala u nás dominantní? Co je v Rusku a v tomto viru, co není v jiných zemích? Ukazuje se, že nic zvláštního. Vědci naznačují, že je to všechno o efektu zakladatele.

Podstata jevu, nazývaného „efekt zakladatele“, je následující. Když virus migruje, přístup nových genetických variant je omezen. Objevuje se jakési „úzké hrdlo“, při jehož průchodu odpadá značná část možností. Varianta, která pronikla do dosud nezastavěného území, jej zabírá a tvoří homogenní populaci. Přitom další varianty, které se na stejném území objeví, pokud nebudou vykazovat výrazné výhody, jsou „bez práce“ – území je obsazeno aktivně se replikujícím a šířícím se dominantním kmenem.

V případě AY.122 se přesně toto stalo. Jedná se o delta variantu, která díky zbytku svých mutací úspěšně nahradila wuhanský virus a alfa variantu. Jiné odrůdy delty však neměly významné konkurenční výhody a nyní je AY.122 příčinou většiny případů COVID-19 v Rusku.

Skupina čínských vědců, která ve svém článku z ledna 2021 v National Science Review diskutuje o efektu zakladatele, poukazuje na to, že epidemii COVID-19 v každém regionu kdysi vyvolal velmi malý počet cestovatelů, kteří tam přinesli virus. To mimochodem naznačuje, že pokusy o izolaci zemí nebo celých regionů jsou v prevenci šíření infekce neúčinné. A v každém regionu, upozorňují vědci, se virus vyvíjí svým vlastním způsobem.

Ve vědecké komunitě panuje názor, že situace s tak rozsáhlou dominancí určité sublinie, která nemá žádné zvláštní konkurenční výhody, může také naznačovat, že tempo růstu počtu případů infekce na omezeném území (v v tomto případě Rusko) je vyšší než stejný ukazatel venku. Jinak by nové viry v Rusku byly potomky nových, pozdějších importů. A protože to není pozorováno, reprodukce viru v Rusku je intenzivnější než mimo něj.

Závěry

  • Odborníci došli k závěru, že dominance jedné z „delta“ variant, která nemá „superschopnosti“ v Rusku, je náhoda, šťastná (pro tuto možnost) souhra okolností.
  • Celkově je tato epizoda jen jednou z mnoha v historii pandemie COVID-19. Nedává viru ani Rusku žádné bonusy, ale nehrozí ani žádné zvláštní ztráty. Vtip přírody, nic víc.

Přečtěte si také:
8 nezdravých potravin, kterými pravidelně krmíme naše děti
Ořechy v dětské stravě
Léčba peptického vředu, integrovaný přístup je klíčem k úspěchu
Artroza fyzioterapie
Jídlo a inteligence, strava pro mozek
Dieta pro fibrocystickou mastopatii
Blogger’s Choice, 8 nejlepších taupe stínů
Terapeutické cvičení pro páteřní herniovaný disk
Ne jako všichni ostatní
Taping tenisový loket
Zajímavá fakta o snech
Revmatologie žák hodonín
Britští pacienti měli povoleno sledovat televizi během operací
Prevence onemocnění kardiovaskulárního systému
Hubnuti bez piva
Vrozené srdeční vady, úvod
Krása obličeje, zelený čaj v péči o pleť
Cviky při bolesti kyčelního kloubu
VY plasty a Kisselring, 5 wow způsobů, jak upravit tvar rtů
SALOMON TRAIL RUNNING UZAVŘENÍ BĚŽECKÉ SEZÓNY